Din 1990, când a fost instituită funcţia de preşedinte al Republicii Moldova, legislaţia privind alegerea şefului statului a fost modificată de câteva ori. Iniţial, preşedintele era ales prin vot direct, de către cetăţeni. Din 2000, după o reformă constituţională, Parlamentul desemnează şeful statului.

Funcţia de preşedinte a fost instituită de Sovietul Suprem al fostei Republici Sovietice Socialiste Moldoveneşti, în 1990. Primul preşedinte, ales în Legislativ, a devenit Mircea Snegur. Un an mai târziu, după proclamarea independenţei Republicii Moldova, Mircea Snegur a fost reales şef al statului prin vot universal.

Pe 29 iulie 1994, a fost adoptată o nouă Constituţie, potrivit căreia, durata mandatului preşedintelui a fost redusă de la 5 la 4 ani. În 1997, funcţia a fost preluată de Petru Lucinschi, ales de asemenea prin votul tuturor cetăţenilor Republicii Moldova, însă în 2000, Parlamentul a modificat din nou Legea Supremă, luând decizia să aleagă şeful statului prin votul a cel puţin trei cincimi din numărul deputaţilor sau, mai exact, 61 de legislatori. În cazul în care procedura eşuează, trebuie organizat un al doilea tur de scrutin, la care participă primii doi clasaţi. Dacă niciunul nu acumulează necesarul de voturi, preşedintele dizolvă Parlamentul, dar o singură dată într-un an.

Alegerile repetate au loc în cel mult 30 de zile de la data dizolvării.