În august 1991, după interzicerea Partidului Comunist, un grup de membri ai acestuia, au criticat decizia şi au pledat pentru reînfiinţarea formaţiunii. Atunci a fost creat comitetul organizatoric, în frunte cu Vladimir Voronin, şi a început colectarea semnăturilor în vederea creării Partidului Comuniştilor din Republica Moldova.

În octombrie 1993, s-a desfăşurat conferinţa de constituire a PCRM. Atunci a fost adoptat statutul şi programul politic al partidului. La această conferinţă a fost ales Consiliul republican al formaţiunii, iar Vladimir Voronin a fost ales în funcţia de lider al partidului. Jumătate de an mai târziu, PCRM a fost înregistrat.

Partidul Comuniştilor a participat la alegerile locale din 1995, 1999, 2003 şi 2007. În 1998, 2001, 2005 şi 2009, PCRM a participat la scrutinele parlamentare. După alegerile din 1998, Partidul Comuniştilor a acces în Parlament pentru prima dată şi a trecut în opoziţie cu 40 de mandate din 101.

În aprilie 2001, Vladimir Voronin a fost ales preşedinte al ţării, de cei 71 de deputaţi comunişti din Parlament. La alegerile parlamentare din 2005, partidul a acumulat aproape 46 la sută din voturi, ceea ce le-a asigurat 56 de mandate. Voronin a fost reales în funcţia de şef al statului, cu voturile deputaţilor comunişti, creştin-democraţi, democraţi şi social-liberali.

La alegerile din 5 aprilie 2009, PCRM a acumulat aproape jumătate din sufragii, obţinând 60 de mandate în Parlament. Comuniştii deţineau majoritatea în Legislativ, însă le lipsea un singur mandat pentru a putea alege şeful statului. Opoziţia a boicotat alegerile prezidenţiale şi a provocat alegeri parlamentare anticipate. Scrutinul din vara anului trecut le-a adus comuniştilor doar 48 de mandate, iar acum fracţiunea PCRM are 43 de deputaţi.