Dacia Chişinău a fost fondat la sfârşitul anului 1999 de către fostul jucător al echipei Zimbru, Marin Livădaru. În scurt timp, echipa a fost preluată de miliardarul Gabriel Stati. După primul sezon în Divizia Naţională, Dacia a obţinut dreptul de a juca în Cupa UEFA Intertoto, competiţie pe care a fost la un pas s-o câştige chiar la debut. A pierdut însă finala Intertoto în faţa unei echipe de top, Shalke 04.

Lupii au jucat a doua finală în 2007, după un traseu dramatic în care s-au calificat de două ori la lovituri de departajare. Adversari le-au fost cei de la SV Hamburg. Şi de această dată moldovenii s-au înclinat, fapt care nu a împiedicat Federaţia de fotbal să numească Dacia cea mai bună echipă a anului 2007. Pe lângă finalele din Intertoto, Dacia are în palmares două medalii de argint şi una de bronz în Divizia Naţională.

Iarna trecută clubul a fost preluat de omul de afaceri Adlan Şişhanov, care este decis să câştige primul titlu naţional. În această vară, dintre toate echipele moldoveneşti Dacia a investit cel mai mult în transferuri.