A doua zi după evenimentele din 7 aprilie, Procuratura Generală a deschis un dosar penal pentru tentativă de răsturnare a puterii, lovitură de stat şi uzurpare a puterii. Mai mulţi lideri ai opoziţiei de atunci au fost acuzaţi de organizarea dezordinilor din centrul Capitalei şi au fost audiaţi de procurori. După venirea la puterea a Alianţei pentru Integrare Europeană, rolurile s-au schimbat.

După protestele din aprilie, Vladimir Voronin a declarat că liderii opoziţiei de atunci trebuie să răspundă în faţa legii şi ar putea ajunge în altă parte, decât în Parlament. În iunie 2009, Procuratura a deschis un dosar penal pe numele primarului de Chişinău, Dorin Chirtoacă. Vicepreşedintele Partidului Liberal a fost acuzat de tentativă de preluare a puterii şi organizarea dezordinilor din 6-7 aprilie.

Chirtoacă nu a fost arestat, dar a fost avertizat că ar putea fi citat din nou la Procuratură. După venirea la putere a Alianţei pentru Integrare Europeană au fost retrase toate acuzaţiile împotriva liderilor opoziţiei. În noiembrie, Dorin Chirtoacă a fost scos de sub urmărire penală din lipsa componenţei de infracţiune. În acelaşi timp, la Procuratura Generală au fost citaţi foştii reprezentanţi ai guvernării comuniste. În decembrie 2009, au fost deschise dosare penale pe numele fostului ministru de Interne, Gheorghe Papuc, şi a fostului comisar al Chişinăului, Vladimir Botnari. Aceştia au fost acuzaţi de neglijenţă în serviciu soldată cu moartea lui Valeriu Boboc. Cauza a ajuns în judecată, iar cei doi riscă până la 6 ani de închisoare sau amenzi considerabile. În timpul audierilor, Papuc a declarat că toate acţiunile poliţiei din luna aprilie au fost coordonate cu fostul preşedinte Vladimir Voronin.