Timp de 15 ani, de când Comisia Electorală Centrală a căpătat un statut permanent, în fruntea instituţiei s-au aflat patru preşedinţi. Cel mai mult timp functia de preşedinte a fost ocupată de Eugeniu Ştirbu. Mandatul său a fost prelungit chiar, pentru câteva luni, întrucât acesta expirase în perioada electorală.

Primul preşedinte al Comisiei Electorale Centrale a fost Dumitru Nidelcu. El s-a aflat în fruntea CEC în perioada 1997-2003. În scurt timp, s-a stins din viaţă. Succesorii lui au fost judecătorii Eugeniu Clim, de la Curtea de Apel Chişinău şi Petru Răilean, de la Curtea Constituţională. Ambii s-au aflat în fotoliul de preşedinte al CEC câte un an. Totuşi, cei doi spun că au acumulat o bună experienţă.

"Sunt bucuros că am avut ocazia să activez în fruntea CEC şi aş fi mulţumit, dacă prin această scurtă perioadă, se va considera că am contribuit la o activitate normală a acestui organ", a declarat Eugeniu Clim.

"Este o încredere şi o responsabilitate care mi s-a acordat şi cred că m-am isprăvit, împreună cu echipa. Gafe, după părerea mea, n-am comis. Am fost atacaţi de politicieni, mi-am făcut griji în ziua scrutinului, dar consider că rezultatul a fost pozitiv", a declarat Petru Răilean.

Din 2005 până în 2011, conducerea CEC a fost preluată de Eugeniu Ştirbu. El spune că a avut un mandat dificil, întrucât au avut loc mai multe scrutine şi un referendum.

"A fost o perioadă foarte interesantă, fiindcă am putut să mă realizez. Satisfacţia mea este că am rămas cu un credo: că cea mai corectă atitudine este atunci când pui în capul mesei Codul Electoral şi Constituţia şi nicio atitudine faţă de partinitate", a declarat Eugeniu Ştirbu.

Din 2011 până în prezent CEC-ul este condus de Iurie Ciocan.

Până în 1997, când Comisia Electorală Centrală a obţinut statut permanent, în fruntea instituţiei au mai fost alţi trei preşedinţi, inclusiv şeful statului, Nicolae Timofti.