Anul 2012 a fost unul frumos pentru Milsami Orhei, care a câştigat primele două trofee din palmares, Cupa şi Supercupa Moldovei. În Liga Europa, Milsami, alături de Zimbru şi Dacia, a fost eliminată încă din turul doi preliminar, iar campiona Sheriff, în play-off, de către francezii de la Olympique Marseille.

La mijlocul lunii mai, după o pauză de un an, Sheriff a devenit din nou campioana Moldovei. Formaţia din Tiraspol şi-a asigurat cel de-al 11-lea titlu din palmares, cu o etapă înainte de final, după ce a învins cu 5-0 Sfântul Gheorghe.

Pe 20 mai, s-a tras cortina peste ediţia 2011-2012 a Diviziei Naţionale la fotbal. Campioana Sheriff Tiraspol va juca în preliminariile Ligii Campionilor. Dacia şi Zimbru au completat podiumul şi şi-au asigurat calificarea în preliminariile Ligii Europa, iar Sfântul Gheorghe a retrogradat, deoarece nu a primit licenţa UEFA. Benjamin Balima a devenit golgheterul campionatului, cu 18 reuşite.

Milsami Orhei a câştigat în premieră Cupa Moldovei la fotbal, în direct la Publika TV. "Vulturii" au învins în finală formaţia CSCA-Rapid Ghidighici, după loviturile de departajare. După 120 de minute fără goluri, Milsami s-a impus la penalty-uri cu scorul de 5-3. Un scandal imens a izbucnit după meci. Oficialii clubului Rapid au acuzat brigada de arbitri că ar fi anulat un gol valabil marcat în reprizele de prelungiri de Bugneac. În cele din urmă, centralul Ghenadie Sidenco a fost suspendat pe doi ani.

La începutul lunii iulie, Dacia Chişinău a început cu dreptul evoluţia în preliminariile Ligii Europa. Lupii-galbeni au învins formaţia NK Celje cu scorul de 1-0. În aceeaşi fază a competiţiei, Zimbru a remizat în deplasare cu Bangor City, scor 0-0.

Pe opt iulie, Milsami Orhei a câştigat în premieră Supercupa Moldovei la fotbal. "Vulturii" au învins campioana Sheriff, la Tiraspol, după loviturile de departajare. După 90 de minute fără goluri, Milsami s-a impus la penalty-uri cu scorul de 6-5. Portarul echipei din Orhei, Adrian Negai, a fost omul meciului, după ce a parat lovitura decisivă a lui Darwin Rios.

Peste câteva zile, Zimbru şi Dacia s-au calificat în turul doi preliminar al Ligii Europa. Galben-verzii au învins la Chişinău Bangor City cu 2-1, iar Dacia a câştigat cu 1-0 şi returul jucat în deplasare cu formaţia Celje din Slovenia.

La mijlocul lunii, a luat startul a 22-a ediţie a Diviziei Naţionale de fotbal. În premieră, a debutat formaţia din Crihana Veche, Speranţa. În total, în sezonul 2012-2013 al Diviziei Naţionale evoluează 12 echipe.

Sheriff Tiraspol a început cu dreptul evoluţia în preliminariile Ligii Campionilor. "Galben-negrii" au învins în deplasare formaţia Ulysses din Armenia, cu scorul de 1-0, în turul doi preliminar. Serghei Gheorghiev a înscris singurul gol al partidei în minutul 61.

Peste două zile, Milsami a obţinut prima victorie în Cupele Europene. "Vulturii" au învins formaţia Aktobe din Kazahstan cu scorul de 4-2 în prima manşă a turului doi preliminar din Liga Europei. În aceeaşi fază a competiţiei, Dacia Chişinău a învins Elfsborg cu 1-0, iar Zimbru a pierdut partida cu Young Boys cu acelaşi scor.

Sheriff a bucurat din nou fanii moldoveni. Tiraspolenii s-au calificat în turul trei preliminar al Ligii Campionilor, după ce au eliminat formaţia Ulysses din Armenia, cu scorul general de 2-0. În manşa secundă, Sheriff s-a impus la fel cu 1-0.

Veşti mai puţin plăcute au venit din Liga Europa. Zimbru a pierdut dramatic calificarea în turul trei preliminar, fiind eliminată de Young Boys Berna, după loviturile de departajare. Celelalte două echipe moldoveneşti la fel au fost eliminate din competiţie. Dacia a pierdut returul cu Elfsborg, scor 0-2, iar Milsami a fost umilită în Kazahstan, de Aktobe cu 0-3.

Sheriff a fost eliminată şi ea din preliminariile Ligii Campionilor. După ce au pierdut pe teren propriu cu 0-1, "galben-negrii" au fost umiliţi şi în retur de croaţii de la Dinamo Zagreb. Sheriff a pierdut cu 0-4 şi îşi va continua aventura doar în Liga Europa.

Sorţii nu au fost prea blânzi cu Sheriff. În play off-ul Ligii Europa, campionii Moldovei au jucat cu multipla campioană a Franţei, Olympique Marseille. În meciul tur, de la Tiraspol, Sheriff a pierdut dramatic, cu 1-2. În partida retur, jucată peste o săptămână, scorul a fost egal, 0-0, iar Sheriff şi-a încheiat aventura europeană din acest an.

La începutul lui decembrie, Alexandru Epureanu a devenit primul jucator moldovean care a fost ales de patru ori cel mai bun fotbalist al anului. Eugen Matiughin de la Dacia a devenit cel mai bun portar, iar Miral Samardzic şi Alexandru Paşcenco, ambii de la Sheriff, s-au ales cu titlul de cel mai bun fundaş şi, repsectiv, mijlocaş.

Gheorghe Boghiu de la Milsami a devenit cel mai bun atacant al anului, iar Benjamin Balima de la Sheriff, cel mai bun golgheter. În acest an nu s-a oferit titlul pentru cea mai bună echipă şi nu a fost desemnat cel mai bun tânăr jucător.