La începutul anului 1990, a fost ales Sovietul Suprem al Republicii Sovietice Socialiste Moldoveneşti. În mai 1991, deputaţii au hotărât să schimbe denumirea statului din "RSS Moldovenească" în "Republica Moldova" şi, respectiv, "Sovietul Suprem" în "Parlamentul Republicii Moldova".

83 la sută dintre deputaţi erau membri ai Partidului Comunist din Moldova. În total, în Parlament erau 364 de legislatori. Preşedinte al Legislativului a fost ales istoricul Alexandru Moşanu, unul dintre liderii Frontului Popular. Următoarele alegeri au avut loc în februarie 1994. 56 de mandate i-au revenit atunci Partidul Democrat Agrar din Moldova, 28 - Blocului electoral Partidul Socialist şi Mişcarea "Unitate-Edinstvo", 11 - Blocului Ţăranilor şi Intelectualilor şi 9 - Frontului popular Creştin Democrat.

Preşedinte al Parlamentului a fost ales Petru Lucinschi. După Lucinschi, funcţia de preşedinte a Legislativului i-a revenit liderului Partidului Democrat Agrar din Moldova, Dumitru Moţpan. Acesta a fost succedat de către liderul Mişcării social-politice "Pentru o Moldovă Democratică şi Prosperă", Dumitru Diacov. În 2001, în această funcţie a fost aleasă Eugenia Ostapciuc, deputatul comunist, iar în 2005 - actualul preşedinte al Partidului democrat, Marian Lupu. În 2009, Parlamentul a fost condus o scurtă perioadă de timp de către liderul PCRM, Vladimir Voronin, iar după alegerile anticipate funcţia i-a revenit liberalului, Mihai Ghimpu.