Pe 2 septembrie 1990, la Tiraspol s-a desfăşurat ce de-al II-lea Congres extraordinar al deputaţilor transnistreni de toate nivelurile, la care a fost proclamată Republica Sovietică Socialistă Moldovenească Transnistreană. Se consideră că diferendul transnistrean a început pe 31 august 1989, când Sovietul Suprem al Republicii Sovietice Socialiste Moldoveneşti a adoptat legea cu privire la limba de stat şi alfabetul latin, potrivit căreia limba română a fost decretată limbă de stat.

În cele din urmă, întreprinderile din Transnistria au intrat în grevă în semn de protest. În urma referendumului din ianuarie 1990, oraşului Tiraspol i-a fost conferit statut de teritoriu autonom. O decizie asemănătoare a fost luată şi de alte raioane din stânga Nistrului. În iunie 1990, în satul Parcani a avut loc primul Congres al deputaţilor din Transnistia la care a fost sugerată ideea creării unui stat independent. Autorităţile moldovene au declarat ilegal acest Congres. În pofida acestui fapt, în noiembrie 1990 a fost ales primul Soviet Suprem al Republicii Moldoveneşti Nistrene, de asemenea au fost formate şi organele superioare executive.

În 1991 a fost adoptată prima Constituţie şi au fost organizate alegeri prezidenţiale şi un referendum privind independenţa RMN. Primul preşedinte a devenit cetăţeanul Federaţiei Ruse, Igor Smirov, care şi astăzi este şef al administraţiei. În martie 1992, în regiune a izbucnit un conflict în cadrul căruia a fost utilizat armamentul din dotarea Armatei a 14-ea a Rusiei. În vara anului 1992, Chişinăul şi Moscova s-au înţeles să înceteze focul, au instituit un mecanism de menţinere a păcii şi un format de negocieri politice.

De 19 ani nu s-au mai inregistrat ciocniri armate, cu excepţia unor incidente. Negocierile în actualul format 5+2 sunt blocate de peste 5 ani. În 1994 în regiune a fost introdusă moneda naţională - rubla transnistreană. Regiunea separatistă are simbolică - imnul, drapelul şi stema de stat. Până azi Transnistria nu a fost recunoscută de niciun stat al lumii.