Procesul de privatizare în Moldova a fost însoţit şi de o serie de scandaluri. Mai multe companii privatizate au fost renaţionalizate ulterior de către stat. Motivul invocat de autorităţi a fost nerespectarea angajamentelor asumate de către noii proprietari.

Cele mai răsunătoare renaţionalizări sunt ale companiilor "Farmaco", "Air Moldova", "Dacia" şi "Ipteh". Peste 80 la sută din acţiunile companiei "Farmaco", deţinute de stat, au fost vândute companiei americane "Europharm", la un preţ de două milioane de dolari. "Europharm" urma să investească 15 milioane de dolari. Ulterior, autorităţile au acuzat compania că a investit doar 1,5 milioane de dolari. Acesta a fost motivul renaţionalizării.

În cazul hotelului "Dacia", noul proprietar, întreprinderea moldo-ucraineană "Selicat-Mix", a plătit peste 20 de milioane de lei, în 1999. Peste patru ani, Parlamentul a declarat tranzacţia ilegală, deoarece Cancelaria de Stat, în proprietatea căreia se afla hotelul, nu şi-a dat acordul pentru privatizare. Mai mult, reprezentanţii Cancelariei de Stat au subliniat că preţul hotelului a fost subevaluat cu 5 milioane de lei.

În 1999, autorităţile moldovene au privatizat compania "Ipteh", inclusiv a clădirii acesteia din centrul Capitalei. Compania a fost privatizată în perioada în care şef al Departamentului Privatizării era actualul premier Vladimir Filat, care reprezintă şi acţionarul majoritar al Ipteh. În 2008, compania a fost renaţionalizată, iar în noiembrie 2009, Curtea Europeana a Drepturilor Omului a decis că naţionalizarea a fost ilegală şi a obligat statul să o restituie fostului proprietar.