Reorganizarea şcolilor, introducerea în programul şcolar a obiectului de studiu "Deprinderi de Viaţă", precum şi modificarea periodică a denumirii cursului de istorie. Sunt doar câteva dintre reformele aplicate de Ministerul Educaţiei în ultimii ani. De fiecare dată, acestea au stârnit discuţii aprinse din partea societăţii civile, a părinţilor şi bisericii.

În anul 2005 în şcoli a fost implementat obiectul de studiu "Deprinderi de Viaţă". În urma multiplelor adresări din partea părinţilor, Ministerul Educaţiei a decis transferarea cursului în şirul celor facultative. Acum, aceasta nu se mai regăseşte nici în lista disciplinelor opţionale recomandate de minister. Obiectul "Deprinderi de Viaţă" venea să răspundă mai multor necesităţi de dezvoltare a copiilor şi tinerilor, problemelor şi intereselor acestora. Acum, obiectul se studiază doar în câteva localităţi.

O altă reformă, care a provocat controverse, a fost cea referitoare la disciplina şcolară "Istoria românilor". Obiectul a fost introdus în şcolile din Moldova în 1990. Ulterior, în 2002, guvernul comunist a decis revenirea în şcoli la Istoria Moldovei, fapt care a generat proteste. Ministerul Educaţiei a aplicat, totuşi, un proiect pilot în aproape 100 de şcoli. Astfel, pe 1 septembrie 2006, cursul de istorie integrată a fost impus la nivelul întregii ţări. În 2009, Istoria Românilor a revenit în şcoli.

În 2010, Ministerul Educaţiei a venit cu o altă iniţiativă. Pentru a face economii la Bugetul de Stat, s-a propus reorganizarea, până în 2013, a 370 de instituţii de învăţământ.