Mitropolia Moldovei are propriul drapel. Acesta a fost aprobat de Comisia Națională de Heraldică. Stema reprezintă un scut argintiu, în interiorul căruia este plasată icoana Nașterii Mântuitorului.

 Deasupra scutului este așezată o mitră aurită pe care este fixată icoana lui Iisus Hristos. Pe părțile laterale, au fost plasate icoana Maicii Domnului de la Hârbovăț și cea a Sfântului Voievod Ștefan cel Mare.

Simbolurile oficiale au fost aprobate, chiar dacă Mitropolia Basarabiei s-a opus vehement acestei decizii. Ierarhii subordonaţi Patriarhiei Române susţin că elementele care se regăsesc pe stemă ar aparţine Mitropoliei Basarabiei şi este vorba despre un furt intelectual. Stema și stindardul nu vor fi expuse în biserici.

Mitropolia Moldovei le va folosi doar în timpul vizitelor oficiale şi ale ceremoniilor protocolare.