Din 1990 şi până în 2000, pierderile provocate de inundaţii şi secete au fost estimate la peste două miliarde de lei, potrivit Inspectoratului Ecologic de Stat. Cea mai gravă secetă din Moldova a avut loc în 2007, iar pagubele au ajuns la peste 12 miliarde de lei.

Consecinţele secetei din iulie şi a ploilor abundente din septembrie 1996, au fost evaluate la 250 milioane de lei. Atunci, în 42 de localităţi au fost afectate peste 650 de hectare de livezi, 4500 de hectare de viţă de vie şi 3200 de hectare de semănături. Ploile torenţiale din iulie 1997, au avut de asemenea consecinţe grave. Au fost înregistrate pierderi de circa 300 de milioane de lei.

În 2002, ploile abundente au afectat raioanele Ungheni, Soroca, Orhei, Cahul, Edineţ şi municipiul Chişinău. Seceta din următorul an, a compromis munca agricultorilor. Recolta culturilor cerealiere a constituit doar 0,9 tone pe hectar, la fel ca în anii de secetă de după cel de-al doilea război mondial. Potrivit datelor Ministerului Agriculturii şi Industriei Alimentare, pierderile cauzate de seceta din 2003 au fost de două miliarde de lei. Totuşi, cele mai mari pagube din istoria recentă a ţării, le-a produs seceta din vara anului 2007, când a fost înregistrată cea mai mică productivitate agricolă din ultimii 60 de ani.

Daunele provocate de această secetă au fost evaluate la un miliard de dolari. Au fost afectate peste 80 la sută din terenurile agricole din Moldova. Inundaţiile din vara anului 2008, de asemenea, au adus numeroase pagube ţării. Potrivit datelor Ministerului Construcţiei şi Dezvoltării Teritoriului, pagubele provocate de aceste inundaţii au fost de peste un miliard şi 200 de milioane de lei.