Constituţia a Republicii Moldova a intrat în vigoare pe 27 august 1994. De atunci, Legea Supremă a suferit unele modificări, dar au mai rămas unele dispute şi controverse nesoluţionate.

Cea mai importantă modificare în Legea Supremă a fost efectuată în iulie 2000. De atunci, preşedintele ţării este ales de către Parlament. După eşuarea celor două tentative de alegere a preşedintelui în decembrie 2009, politicienii din Alianţa pentru Integrare Europeană au încercat să revizuiască articolul 78 din Constituţie, ce stabileşte modalitatea de alegere a şefului statului.

Pe 5 septembrie 2010, acest articol a fost supus unui referendum, care însă a eşuat. De atunci deputaţii nu găsesc un consens pentru schimbarea modalităţii de alegere a preşedintelui. Un alt subiect de dispută între politicieni încă de la proclamarea independenţei este limba oficială. În timp ce Declaraţia de Independenţă spune că limba vorbită şi scrisă este româna, Constituţia stabileşte că limba de stat este moldoveneasca. De-a lungul anilor, au fost mai multe tentative de a modifica articolul 13 din Constituţie, care se referă la limba de stat. Toate, însă, au eşuat.

O altă modificare a Constituţiei a avut loc în 2003, când a fost modificat articolul 111 cu privire la statutul juridic al autonomiei Găgăuze. De atunci Găgăuzia a obţinut istituţionalizare separată şi este competentă să-şi soluţioneze problemele cu caracter politic, economic şi cultural, în limitele prevederilor constituţionale.